Elektrárna má mít čistou energetickou účinnost pouze 38 %, podle zákona o integrované prevenci a předpisů EU by však její účinnost měla dosahovat 42 – 45 %. Z odborných studií vyplývá, že každé jedno procento získané na účinnosti redukuje emise skleníkových plynů zhruba o 2 – 3 % a samozřejmě také adekvátně snižuje spotřebu uhlí. ČEZ by přitom zřejmě neměl mít vážný problém naplnit v Prunéřově požadavky zákona, když v hnědouhelné elektrárně v Ledvicích plánuje účinnost přes 42,5 %. Právníci GARDE ze sdružení EPS (GARDE – EPS) upozornili na tento problém v průběhu procesu hodnocení vlivů na životní prostředí. I přesto, že Ministerstvo životního prostředí dalo jejich argumentům zapravdu, právník Jiří Nezhyba upozorňuje: „Riziko, že ČEZ prosadí nedostatečně efektivní a tedy neekologický provoz elektrárny Prunéřov II, je vysoké. Jasně jsme se o tom přesvědčili u modernizace elektrárny v Tušimicích.“ Při modernizaci stávajícího zařízení jsou zákonná kritéria pro nejlepší dostupné techniky (BAT) výrazně mírnější, než v případě instalace nových zařízení, kde je nutné dosáhnout účinnosti 42 – 45 %. V Tušimicích, v roce 2006, ČEZ pod názvem „komplexní obnova“ prosadil úplnou výměnu těch nejzásadnějších technologií, bez nichž elektrárna není elektrárnou. Z pohledu zákona o integrované prevenci tak ČEZ vlastně nainstaloval nová spalovací zařízení. Přesto se tehdy státní orgány spokojily s tvrzením ČEZu, že elektrárnu pouze rekonstruuje, umožnily mu obejít zákonné požadavky a povolily účinnost 37,5 %. ČEZ ve svém nynějším projektu „komplexní obnovy“ v Prunéřově, stejně jako v Tušimicích, plánuje výměnu klíčových částí elektrárny a předpokládá účinnost pouze 38 %. Úspory v oblasti energetiky se konečně stávají diskutovaným tématem. Sám ČEZ na veřejnosti deklaruje svůj pozitivní vztah k ochraně životního prostředí, k udržitelnému rozvoji a hlásí se ke konceptu společenské odpovědnosti. Právník Jiří Nezhyba k tomu dodává: „Myslí ČEZ své proklamace o společenské odpovědnosti a snižování emisí CO2 vážně? Zatím to tak nevypadá. ČEZem prosazovaná nízká účinnost elektrárny v Prunéřově by totiž ve výsledku znamenala zbytečné plýtvání milióny tun uhlí. A k tomu připočtěme stejně zbytečně zvýšené emise skleníkových plynů, kterými by ČEZ dále přispíval ke globálním změnám klimatu. EPS